El método gira en base a 6 principios fundamentales: concentración, control en el movimiento, estar centrado, fluidez en el movimiento, precisión y respiración. Pone especial atención en el cuidado de la columna vertebral y en la prevención y tratamiento del dolor de espalda.
Al realizar los ejercicios el énfasis se pone en la calidad del movimiento más que en fomentar series de repetición automática. Se realizan los movimientos con control, precisión y fluidez a la vez que se coordinan con la respiración siendo este un aspecto fundamental del método.
Como beneficios destacan el fortalecimiento de la musculatura sin aumentar el volumen muscular, en especial en los músculos de abdomen y espalda; no sólo se fortalece la musculatura, sino también los ligamentos y se mejora su elasticidad, lo que proporciona más fuerza y agilidad.
También tiene efectos positivos sobre la flexibilidad, lo que se traduce en una mejora cualitativa del movimiento de las articulaciones y en la reducción de la posibilidad de lesiones. Además ayuda en la higiene postural, no solo por la tonificación muscular de determinadas zonas, sino también por la conciencia corporal que se adquiere en aspectos como la posición corporal, la propiocepción o la respiración.
Seguidores de Pilates defienden que su práctica conlleva una serie de beneficios que trascienden lo meramente físico del individuo, como reducir el estrés al aprender a respirar y mantener la concentración, mayor autocontrol y autoestima, mejora el conocimiento del propio cuerpo a la vez que repercute de forma positiva en los procesos psicológicos y sociales, como la forma de relacionarse con los demás, o la filosofía de vida.